张居正的制度改革，虽然影响力很大，但还是有其局限性。
在明朝，内廷、外廷有两套机构，并且完全对称。
外廷有内阁，内廷有司礼监；外廷有三法司，内廷有东厂、锦衣卫；外廷有派往地方的总督、巡抚，内廷也有派往地方的镇守、守备太监……
张居正的改革，只能改革外廷，内廷他无权插手。
别说是张居正，就算是此时的司礼监掌印太监冯保，也没有权力改革内廷机构，必须等皇帝朱翊钧亲自改革。
此时的朱翊钧，也不过十几岁年纪。
在他即位之前，张居正便在南京开始了近代化改革。
因此，在他即位之后，专门为他讲经筵的翰林学士，教给他的各种学问中，不但有原本的儒家经典，还有各种先进的科学知识。
在培养朱翊钧的过程中，张居正也将近代化改革的内容教给了他，还让他知道了第一次工业革命中产生的各种新奇玩意儿，让这位少年天子对近代化改革有了更加深刻的认识。
再加上，张居正在外廷的改革，已经将各种改革人才都培养了出来。
等朱翊钧亲政以后，改革内廷制度，便是顺理成章的事了。
不仅仅是内廷，张居正的制度改革，还有很多地方并没有改到。或者说，是他故意绕过去而没有改的。
在军队上，有皇帝直辖的、包括锦衣卫在内的亲军二十六卫，有勋贵掌握的南、北两京的京营没有裁汰；
在法律上，并没有禁止人口买卖、废除奴婢制度，《大明律》中的连坐、罚入教坊司等，也还没来得及取消；
在地方上，在撤销西藏都统使司之后，虽然往西藏省委派了巡抚，但也没动西藏地方的“噶厦”制度……
这就导致，内阁派出的西藏巡抚，不但要监督西藏省级议会和西藏省政府，协调西藏国防分部、司法分部与西藏省政府的关系，还要监督统治西藏大部分地方的“噶厦”。
而原本任西藏都统使、挂征西将军印、统领驻藏明军的北京勋贵，便卸下了这个职责，专心统兵。
五军都督府，原本是用来给掌握兵权的勋贵或武将安排虚职的。虽然没有实权，但也不是什么人都能进的。
改革成军府之后，变成了只要通过军科科举，在新式陆军、海军中任职，或者在总参谋部之类了部门任职，就能进入。
而勋贵虽然还是可以担任军务大臣，但却依旧只是虚职，只能掌管京营，不能指挥新军。
好在勋贵中也有认识到旧军已经落后于时代的人，并没有太过反对。
由北京勋贵挂征西将军印统领的驻藏明军、由黔国公沐昌祚挂征南将军印统领的海西明军，还在他们的支持下，整编成了新式陆军。
而亲身经历过鸦片战争的南京勋贵，更是主动改革，将南京京营也改造成了新式陆军，只是不归陆军部管辖。
与勋贵无关的明朝卫所兵，包括防备沙俄的北军精锐，包括守护东南沿海、西南边境的南军精锐，全都被整编成了新军。
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