至此，明朝中央便形成了三大政治体系——以内阁为首的行政体系、以军府为首的国防体系，以及由法院、检察院、司法部组成的司法体系。
内阁统筹全局，既可以通过国防部介入国防体系的管理，也可以通过司法部插手司法体系的事务。
而议会作为立法机构，同时还有监察、弹劾及建议之权。
此外，司法体系中，法院的首席大法官、检察院的首席大检察官，都是由议会选举产生的，内阁并不介入。
如此，明朝中央便做到了西方政治学中所说的立法、行政、司法三权分立。
而在中央行政、司法机构和制度改革的同时，地方上也在不断进行相应的调整。
首先，是确立省、府（州）、县三级地方行政区划。
随着卫所被取消、旧军被裁汰，而新军又直接归军府管理，各地的都指挥使司都要进行改革。
而随着“三法司”被改成了司法部、检察院、法院，并在全国各级行政单位派驻和设立相应等级的分支机构，各地的提刑按察使司也要进行改革。
都指挥使司、提刑按察使司改革之后，洪武年间废除中书省后确立的“三司制”中，只剩下了承宣布政使司。
但承宣布政使司的职能，也早就被巡抚、总督侵蚀了。
而没有了卫所和都指挥使司，黑水、漠北、南洋这三大都司的行政区划，也需要重新调整。
因此，张居正将最高一级行政区划正式定为“省”。
将各省的卫指挥使司、千户所和百户所全部取消，改成府、州、县。
除西藏外，原本黑水都司、四川行都司等东北、西南地区的羁糜所，在卫所制取消以后，全部改土归流，不再由世袭武职土官统治。
除南洋都指挥使司外，其余两京、二十三省、两都司，以及西藏都统使司，全都改为“省”。
同时，将除顺天府以外的北直隶改为河北省，以天津府为首府，将应天府以外的南直隶拆成淮东省、淮西省，分别以扬州府、凤阳府为首府。
此外，东北地区，尤其是关东省，经过200多年的开发，此时已经十分繁荣了，不适合只设一省。
因此，将关东省拆分，东部沿海地区设白山省，以永明府（海参崴）为首府，北部与原黑水都司组成黑水省，以黑水府（瑷珲）为首府，南部与漠南省的一部分组成辽宁省，以沈阳府为首府。
如此，大明本土便形成了“两京三十省”的地方一级行政区划。
各新设之省的首府，也要尽快连通电报、修建铁路。
至于南洋都指挥使司，则改为南洋都护府，继续统管海外华人土司，守卫马六甲海峡。
其次，是设立各级地方议会，改革地方行政和司法机构。
在万历五年（1853年），国家议会举行过第二次全国选举之后，明朝的议会制度便已经成熟，可以推广到各个地方了。
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