平定罗卜藏丹津之乱以后，西藏的汗王制也正式废止。
明朝让靖远伯王骥接替定西侯蒋贵，成为第二任驻藏征西将军。
此后，派驻勋贵挂征西将军印驻扎西藏的驻藏大臣制度正式确立。
不同于世镇安南的黔国公沐氏，征南将军之印是由他们一家世袭的。
因为西藏地区太过重要，而蒋贵的儿子蒋义患足疾，不能袭爵，孙子蒋琬虽然可以袭爵，但还太小，不能担此重任，所以征西将军是从北京勋贵里轮流选出来，派驻到西藏的。
青海虽然设置了布政使司，但大部分地方都是卫所，只在西宁附近设置了府县。之所以设置布政使司，也是方便对西藏的管辖。
在设置青海布政使司后，明朝又设置了西藏都指挥使司、四川行都指挥使司，分别管辖青海以外的卫藏、康巴藏区。
西藏都司在建制上属于青海布政使司，四川行都司在建制上属于四川布政使司。
至此，西藏纳入明朝版图。
青海布政使司、西藏都司、四川行都司设置以后，对青海、西藏、四川之间的各部族归属，还没有明确规定。
在王骥的建议下，朱祁镇派人进藏，勘定界址。
1725年，正统十四年。
西藏与青海、四川、云南的边界勘定完成。
同时，对西藏、青海原本和硕特汗王管辖部族的整编，也完成了。
西藏达木蒙古等曾经由和硕特汗王管辖的蒙古部族，改编为朝廷直辖的游牧卫所，由西藏都司管辖。
明朝将从漠南游牧卫所中迁移而来的军户牧民与达木蒙古牧民混编。
并且，从内地迁移部分农耕卫所的军户到西藏，与游牧卫所一起，驻扎在西藏各军事要冲地方，组成实控卫所。
这些卫所明军逐渐替换之前的驻藏明军，世代在此镇守。
唐古拉山南路的“霍尔三十九族”，根据各族人数，分别授予千户、百户之职，作为羁糜所，由西藏都司下辖的实控卫管辖。
其余地方，原本由达赖的第巴管辖的地方，依旧由四噶伦联合管辖。
西藏地方土司，由朝廷册封为羁糜卫所，听西藏都司节制。
拉萨卫是西藏都司的治所所在。驻藏的征西将军驻扎在拉萨，管理西藏都司的军务。
康巴藏区的土司，同样册封为羁糜卫所，由四川行都司节制。
将青海都司原本设置的羁糜卫，在平定罗卜藏丹津之乱以后，全部改为朝廷的直辖卫，只在卫以下保留部分羁糜所。
同样，从内地迁移部分农耕和游牧所到青海，与青海蒙古各部混编，驻扎于各军事要冲之地，修筑卫所城池，组成实控卫所。
唐古拉山北路的巴彦、南称等四十族（即“玉树等四十族”），改编为羁糜所后，由青海都司下辖各卫管辖。
不过，此时的明朝官方，已经停止了组织大规模移民。
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