在消灭满清、北征罗刹、南征安南、备战和兰的同时，朱元璋也没有落下对于国内的治理。
除了向新拓之地迁移军户、移民屯垦之外，他还采取了很多其他的改革措施。
洪武三年（1646年），朱元璋按照前朝的制度，开了一次科举。
郑森的进士身份，就是在那一科科举中得来的。
但后来，可能是考虑到朝中形势，也可能是受前朝中后期的有识之士们留下的话语影响，朱元璋认为，科举所取举人、进士少有实才，宣布停罢科举。
“八股之害，等于焚书，而败坏人才，有甚于咸阳之郊。”
这句话，是顾炎武说的。
朱元璋虽然不知道这话是谁说的，但也听说了这句话。
在停罢科举期间，他也想要寻找更好的取士之法。
洪武十五年（1658年），在重开科举时，改八股为策论，但不久又放弃了。
最后，只能在八股文的内容上进行增减，在儒家典籍的范围内，尽可能增加实学。
另外，对于选拔武官的武举，也进行了更加细致化的规定。
因为对于火器的重视，朱元璋还开设了一场对全国匠户进行选拔的考试，称为“匠举”。
选出能工巧匠，与陶广义一起制造更加先进的火器。
不过，匠举的选拔范围太小，选出来的工匠也大多不是做官的，最多只能在工部任职，便没有形成常例。
洪武十三年（1656年），“胡惟庸案”像历史上一样，爆发了。
大明废除丞相、废除三省制，由皇帝直辖六部，地方上分设承宣布政使司、提刑按察使司、都指挥使司三司。
不过，原本历史上的“空印案”是爆发不了了。
因为前朝不是元朝，没有在文书上先盖印章，需要用时再填写具体内容的习惯。
但前朝中后期，投献土地之事蔚然成风。
士绅凭借前朝对他们的优免，通过种种手段，最终将这些优免提高到了“不当差、不纳粮”的程度。
一部分百姓将土地投献给可以优免税役的士绅，上交给士绅的粮食，远比朝廷的赋税要少。
而朝廷的赋税，全部压在了没有投献土地的普通百姓身上。
拥有大片土地的士绅，却不用承担赋税。
此举严重影响了朝廷税收，也是造成前朝末年李自成、张献忠他们起义的原因之一。
洪武十五年（1658年），“投献案”爆发。
朱元璋虽然之前生活在元末，但也十分在意此时底层百姓的生活。
在处理了一大批涉事士绅之后，还有人给朱元璋上书，说：
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